到了1643年，高杰被提拔为副总兵，而同样也是农民军投诚的白广恩被提拔为总兵，成为明军大帅孙传庭镇压农民军的两大前锋。这2个人，都是那种喜欢一路突击，穷追猛打的类型。
结果就在郏县，遭遇李自成大军的埋伏，明军损失数万人。到了年底，李自成大军进攻潼关，孙传庭阵亡，明军火器部队，火车军首领白广恩向李自成投降。后来这个人在1645年，清军进攻陕西的时候，又立刻投降了清朝，追杀李自成的农民军。
无论白广恩是真投降，还是假投降，高杰拐跑了李自成的老婆，哪里敢投降。只能一路向陕北逃跑，身后的农民军一路追赶，最后，高杰从陕北逃进了山西。1644年，李自成50万大军进军北京，高杰一路向南逃跑，进入扬州。
在崇祯死后，高杰，黄得功，刘泽清，刘良佐成为明军江北四镇。高杰还被封为太子太傅，世袭锦衣卫佥事。1645年，高杰的部队进入河南，准备作为先锋收复中原，击败孤军深入的清军。
