第一点原因和第二点原因归结一点便是刘裕杀司马氏是为了让一些效忠司马氏的人绝望，让他们不敢心生反意。这些都是表面原因，根本原因还是与当时的门阀制度有关。
原本曹丕设立九品中正制是为了给朝廷选拔合适的人才，但随着各个士族掌管了选拔规则，九品中正制逐渐失去了原本的作用，逐渐变成了看出身的门阀制度，到了晋朝时期朝廷已经变成了由世家大族掌权的时代，像刘裕这种出身寒门的人肯定是不受世家大族待见的。长此以往便培养出了刘裕仇视世家大族的报复性心理，所以他杀司马氏一族也可以理解寒门对世家大族的不满。从刘裕上台后，世家大族的权力在逐渐减少而寒门的权力慢慢在增强。
其实，刘裕要对付司马氏的理由完全可以理解为成王败寇，斩草除根，但刘裕作为新王朝的掌权者在新旧王朝更替之时除掉旧王朝的宗室开创了一个不好的先例，导致后来很多皇帝在登基时都会将旧王朝的宗室全部驱除干净，就连刘裕自己的后代也没有逃过这个命运，这大概是刘裕始料未及的事情。
