清朝入关后，也面临着多元化的边疆格局。
即北部地区的喀尔喀三汗部、西北地区的卫拉特联盟(以准噶尔汗国为代表)和叶尔羌汗国，西南地区的蒙藏联合政权。这些政权相互之间激烈争夺，蒙藏民族在宗喀巴改革后以藏传佛教为精神纽带，蒙古三大部都信奉。
叶尔羌则信奉伊斯兰教。这些边疆民族地区皆有自己独特的完备的政体、官制，为此，清朝统治者将"底定中原"与统一边疆作为实现统一的相辅相成的两个方面。他们认为，如果只实现中原的统一，那就算不上是真正的大一统，而如果自己的政权失去边疆民族的支持、拥护，不能实现对边疆的有效管理，则自己对中原的统治就不能稳固，同样不是正统。所以二者缺一不可。
可见，处理与边疆民族的关系，筹划边防，统一边疆，稳定边疆，是牵一发而动全身的事，也是帝国实现大一统的题中应有之义。
