到了万历年间，东厂太监虽说为害一方，但是，也相对规矩了些，以致于，后来东厂的狱中都长满了荒草，东厂的嚣张气焰暂告一段落。到了天启年间，皇帝重用太监魏忠贤，史上著名太监登场，一手把持东厂，东厂权力达到极盛时期。魏忠贤利用东厂屡造冤案，铲除异己，诛杀忠臣，暴虐百姓，他们的残暴歹毒让人闻之色变。
据说有一次，四个人在一起喝酒，其中一个人喝多了，就大骂起魏忠贤来。东厂的密探很快抓走了他们，魏忠贤命人把那个骂他的人身上浇上沥青，将整个人皮剥了下来，令人惨不忍睹，其余三人吓得都昏死过去。魏忠贤恶贯满盈，不得好报，崇祯皇帝即位后，立马处死了魏忠贤，但是，东厂并没有就此废除。
到了1642年，大臣杨仁上奏建议撤除东厂，崇祯皇帝依然没有采纳。直到1644年，起义军攻进北京，备受信任的太监打开了城门，崇祯皇帝被逼自杀，大明王朝灭亡，东厂也随之灭亡。
在《明史·刑法志》中也有记载："刑法有创自有明，不衷古制者，廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至未造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也。"又"东厂之设，始于成祖。锦衣卫之狱，太祖尝用之，后已禁止，其复用亦自永乐时。厂与卫相倚，故言者并称厂卫。"
