朝中还有不少大臣也都同意南迁，但是主张让太子到南京监国，崇祯皇帝仍然留守京师，在外督师的李建泰也表示同意先让太子南迁。
南迁之事是秘密商议的，可是仍然泄了密，这让大臣们议论纷纷，人们反对南迁的呼声高涨。这时李邦华上奏让太子先去南京监国，可是这时的崇祯被大臣们搞得心里烦躁，他越想越生气就对大臣们说"祖宗千辛万苦定都这里，如果贼寇到了这里，我还有什么颜面去督责百姓去守卫国家呢？怎么对得起先人呢？我可以离去，宗庙社稷呢？十二陵呢？京师的百姓们呢？君王死社稷古来有之，朕志决矣。
这时还有大臣劝诫说让太子去监国"太子监国，古来尝有，也是万世之计"。崇祯却说"朕经营天下十几年都不济，何况孩子家呢？他能做什么事？"关于南迁的事就这样被拖了下来。
崇祯皇帝是真想南迁，但一直没有成功，除了他犹豫不定之外还有当时的形势变化。最初李明睿首次给崇祯联系南迁时，如果南迁就来得及，但是他迟疑了。到第二次再提迁都之事时，李自成已经率军渡过黄河了，这时他如果南迁就可能被李自成的先锋部队拦截，这也是崇祯忧虑的问题。这时李明睿再次建议南迁，可是他问"如果遇到了敌人，谁能抵抗？"崇祯皇帝错过了时机南迁之事也就不成了。
