此时的明王朝风雨飘渺，根本无暇顾及附属国，日本幕府趁机加强了对琉球的侵略，并且开始向当地派遣官员，琉球王不得不屈服。直到1654年，琉球王得到了顺治皇帝的册封，琉球才摆脱日本幕府的控制。200多年后，日本江户幕府被推翻，在明治天皇的推动下，日本开始向资本主义社会转变，并且将对外侵略奉为国策。
此时的清政府腐朽不堪，放松了对海外附属国的管辖，日本政府再次将目标对准琉球。1872年，4名日本人在海上遇到事故，一路漂流到台湾，结果被当地人杀掉。日本政府以此为借口，趁机占领琉球，强迫琉球王终止和清王朝的宗属关系。1879年，日本正式废除琉球国，将其改名为冲绳县。
后来的几十年里，清王朝屡次受到外敌侵略，根本无力收回琉球。抗日战争结束后，由于政治上的原因，国民政府并没有接管琉球，导致日本占领琉球的状态一直延续至今。
