萧衍看重韦睿的才干，韦睿也佩服萧衍有雄图大略，认为他是能成就天下大业的人。萧衍起兵后，韦睿率领本郡两千多人马，赶来会合，加入造反大军。萧衍十分器重韦睿，在攻城略地的军事行动中，采纳了许多由他提出的策略。
萧衍率军从郢州（武昌）出发，继续沿江东下，攻打南齐都城建康。在选择留守后方的将领时，让他为难了很久。这时他突然想起韦睿正是一个合适的人选，当即委任韦睿为江夏郡太守，管理郢州事务。
韦睿不辱使命，郢州就任后，立即着手清理城中染瘟疫而死的数万尸体，妥善安抚百姓，让郢州地方重新太平。展现了他出色的治理能力。
萧衍建立南梁后，韦睿被授廷尉一职。这是主管司法，管理天下刑狱的最高官吏。两年后，韦睿再改任豫州刺史。
