到了黄巾军起义之时，朱儁凭借自己的实力，被朝廷任命为右中郎将，与皇甫嵩卢植等人一同出征。因为没有得罪阉党，朱儁在战后得到了他应得的名望，又加上击退了黑山军张燕，朱儁可谓是战功赫赫。
在传统的印象中，董卓统领朝政后，被联军击败，欲迁都时很多大臣出来阻拦，但都被董卓处理掉了。其实，董卓当时还是有畏惧的人，朱儁就在其中，为了让朱儁同意西迁，董卓可没少下功夫，但都没有成功。
《后汉书》--及关东兵盛，卓惧，数请公卿会议，徙都长安，俊（朱儁）辄止之。
见朱儁不为所动，董卓只好自己带着少帝去了长安。朱儁则留守在洛阳，防止联军继续西进。后来朱儁也认清了董卓的真面目，便有意和联军合作，但因洛阳已成一片废墟，朱儁就跑到中牟去屯兵。
