公元184年，黄巾军起义爆发，各地相继失守，东汉朝廷大惊失色，紧急之下，赦免之前被处置的党人们（党锢之祸），后将皇甫嵩任命为左中郎将，同朱儁一起，引数万大军镇压黄巾起义。
黄巾军绝大多数都是由农民组成，缺乏战斗经验，更不懂得兵法。与皇甫嵩等人一对比，这个缺点就更加的明显。皇甫嵩和朱儁先后击败了黄巾军将领波才、卜已，在此期间，黄巾军也进行了顽强的抵抗，但不成想对面奉行的是"斩草除根"的原则，数万黄巾军及其家属被屠戮。
同年皇甫嵩围攻张角占据的广宗，张角因病离世，黄巾军顿时群龙无首，尽管张角的弟弟张梁领军击退过皇甫嵩，但这也不能改变兵败人亡的结局。此战又有近十万人被赶尽杀绝，攻下广宗后，皇甫嵩挖出了张角的尸体，砍下其首级，送到了朝中。后灭张宝时，又斩杀了十几万人，并将尸体筑成了京观。
《后汉书》--嵩复与钜鹿太守冯翊郭典攻角弟宝于下曲阳，又斩之。首获十余万人，筑京观于城南。
