赶走张勋，冯国璋成为总统，段祺瑞继续当总理，但性格火爆的段祺瑞想武力统一南方，温和派的冯国璋想和平统一，这就是第二次"府院之争"。结果两人相约一起下台，选举老好人、老资格、袁世凯的老伙伴徐世昌为总统。但实际大权仍被段祺瑞所掌握。
因此，直系和皖系爆发了战争，称为"直皖战争"。
直系拉来奉系当帮手，皖系准备不足、战略失误，因此战争仅仅开战5天，皖系就失败了，段祺瑞从此走下人生的巅峰。
但冯玉祥"北京政变"后，推举段祺瑞短暂的当过国家元首："临时执政"。
这期间，发生了臭名昭著的"三一八惨案"。成为段祺瑞一生的污点。
