然而就是这样一个为国为民的能臣却因为"站错队"而被明英宗所杀，石亨等人给出的回答是"于谦有功于社稷，却有罪于陛下"。所以在明英宗朱祁镇的授意下，石亨等人派遣锦衣卫去抄家，想要查出于谦谋反的证据。当锦衣卫看到于谦家里的场景不由得都落下了眼泪，最贵重的东西就是一件蟒袍和一柄长剑之外，而那柄长剑更是"北京保卫战"之中的见证物。然而就算是如此，明英宗还是铁了心要杀于谦，最终于谦如同岳飞一样被"莫须有"。
皇太后也受到了很大的冲击。因为当年皇太后亲眼看着于谦是以什么样的姿态挺身而出拯救国家，又是以什么样的姿态挽救了大明王朝。所以，太后知道于谦死前居然清苦到了这样的地步，大家还要给他脸上泼脏水，她愤怒得无以复加，最终只能以水米不进来表示自己的不满。
