清代治黄仍次于运河漕运，但因省城开封之故，始加强南岸堤防，置河道总督，饬令地方长官修河，但积弊难改，河患如旧。顺治四年、五年、七年、十四年、十七年（1647、1648、1650、1657、1660）频繁从开封、仪封决口，杞皆被灾。康熙元年（1662）六月，决开封，溢杞县。康熙三年六月又决溢至杞。康熙四十八年河决兰阳雷家集、仪封洪邵湾、水驿、张家主等处，杞北又灾。乾隆二十六年（1761）七月河决中牟阳桥、祥符黑岗口等17处、兰阳头堡等3处，河水溢杞，至冬十一月始堵复决口。乾隆四十三年六月决祥符时和驿、仪封十堡等6处，杞又水灾。
乾隆四十六年决仪封青龙岗，由兰阳三堡开新道，二年后之三月导水入商丘七堡之故道，切断青龙岗泛道令水入新河（即今兰考北关河道），这是第五次大改道。道光二十一年（1841）六月，河决下南厅祥符上汛三十一堡（今市郊张湾），决口267米，到次年二月始堵复，时杞境洪水横流，大水围城经年，经努力护守，城墙始免倾覆。道光二十三年又决溢至杞。咸丰五年（1855）六月十九日决仪封铜瓦厢（今东坝头西），次日，全河"夺溜"，东坝头以下水道不行，结束了黄河南犯淮河的历史，也大大减轻了对杞县的危害，这是第六次改道。
民国时期多次加固堤防，也曾试办黄河水利，但行动甚差，河患仍不时发生，最严重的一次是民国27年（1938）6月9日蒋介石炸花园口决堤，全河夺贾鲁河之道南下，其中从中牟之分支，夺涡河行杞西南边境，杞南31村淹没，死亡流离万人，这是第七次改道。民国32年10月2日，国民党河南十二督察区专员薛广汉又从新黄河东岸自中牟至太康决口11处，长7500余米，其中在杞境者有孟庄、石寨等四处，共2000余米。杞南百余村被水，死亡流离5万余人。至民国36年3月15日花园口"合龙"，河水复行故道。
建国40年来，杞县对黄河戒备无懈，1958年以来，又先后开挖兰杞干渠及其配套工程，引黄灌田，放淤改沙，渐得黄河之利。
