尽管在宣传上神秘，但塔利班的政治结构较为清晰，以政治局主管政治事务的巴拉达尔为主 图源：社交媒体
而巴塔组织更像是“散兵游勇”组成的松散联盟。在巴基斯坦，只有约一半的塔利班派别在巴塔名下联合起来，而另一半派别中，有些只是松散地隶属巴塔，而另一些，就像纳齐尔集团和哈菲兹·古尔·巴哈杜尔集团，则很少或根本没有与巴塔联系。
2007年巴塔成立后，内部长期由马赫苏德、纳齐尔、巴哈杜尔三大派别“三足鼎立”，总体上维持“伞状结构”，相互之间既有合作，也有相互纷争。2009年，拜图拉·马哈苏德在美国无人机袭击中丧生，这之后TTP内部发生了短暂的权力斗争，直到哈基穆拉·马哈苏德担任该组织的领导人局势才稳定下来。
2013年2月，纳齐尔派头目纳齐尔被美国用无人机炸死，哈基穆拉·马哈苏德抓住这个好时机，吞并了巴塔其他派别。但同年11月，哈基穆拉·马哈苏德同样被美军无人机炸死，巴塔一时陷入“群龙无首”境地。继任的毛拉纳·法兹卢拉不是马哈苏德部落的成员，他无法维持这个武装组织的团结，加上巴塔内部在是否参与和平谈判等重大议题上出现分歧，组织逐渐内部分裂，最大派别马赫苏德部落出走南瓦基里斯坦。2014年，巴塔内部的强硬派分支旁遮普塔利班等也纷纷宣布脱离巴塔，另立门户。
哈基穆拉·马哈苏德被炸死后，巴塔彻底告别了南瓦基里斯坦地域主义
