两者的斗争手段也有差别。从袭击手段上看，从 2004 年底开始，巴塔便频繁使用自杀炸弹或者敢死队（fedayeen）袭击方式，且广泛针对平民目标，造成大量无辜民众（特别是妇女和儿童）伤亡。有分析人士指出，巴基斯坦塔利班的行为方式“学习”了阿拉伯极端武装分子和“基地”组织成员在伊拉克广泛使用的做法。这些行为特征被认为不符合阿富汗塔利班运动的传统，有悖于普什图人保护妇女儿童生命安全的价值观。尽管阿富汗塔利班之后同样频繁发动了自杀式袭击，但他们几乎没有专门针对无辜平民的袭击——尽管在对军事、政治目标的粗暴袭击中同样造成了大量的平民伤亡。
巴塔成立之初也以巴基斯坦普什图族为主体，但随后迅速分划为一支瓦哈比组织 图源：社交媒体
从人员组成上看，巴塔的人员构成更加复杂。尽管巴塔成立之初也以普什图族为主体，但与阿塔不同的是，巴塔在发展中逐渐分化，下属组织与巴塔本部仅有松散的联系，组织的不严密性决定了巴塔内部组成的复杂性。阿富汗战争爆发后，北约对阿富汗塔利班政权的打击迫使其领导人涌入巴基斯坦的部落群居区，而基地组织也开始对塔利班进行渗透，不仅招募当地部落成员，还对塔利班成员进行意识形态的灌输，在宣传上多次表态支持巴塔组织，承认其为ansar（“地方保护者”）。
巴塔组织主要活动巴基斯坦联邦直辖部落地区（FATA）和开伯尔-普赫图赫瓦（KPK）的40多个伊斯兰和普什图部落的分布区域，吸纳了来自中东和中亚地区的暴恐分子和独立运动成员，为他们提供庇护（例如2007年基地组织在巴基斯坦Data Khel、Dosali、Mir Ali 和 Miramshah建设基地），在基地组织遭受北约打击后关系更为密切，这也是国际社会对它的认定不同于阿富汗塔利班的一个重要原因。
从组织架构上，阿塔组织相比于巴塔组织更加完善。在2001 年底被推翻后，阿塔组织转入重组，近年来再度崛起。它不仅重建了组织体系，产生了新一代领导层，扩充了军事实力，而且占据了一些区域。阿塔在其控制区域提供了有效的社会管理，进行自我约束调整，从而获得了部分下层民众的支持。
阿塔内部主要有两个主要派别，分别是的奎达协商委员会和白沙瓦协商委员会。前者负责制定外交政策和军事战略，控制着阿富汗南部、西南部和西部 11个省的塔利班事务。而后者控制着 19个省。两个委员会相互配和，协同工作，以协调各自和共同的军事行动。虽然有塔利班时常有内部紧张或分裂的报道传出，但塔利班领导层掩盖内部不同意见和紧张关系，对外则始终保持团结一致的形象。
