皇帝对于利玛窦的世界地图也产生过兴趣。万历二十九年（1601 年），传教士熊三拔和庞迪我就奉万历皇帝之命，对利玛窦的《坤舆万国全图》进行注释。这本注释，后来经艾儒略与杨廷筠的加工，成了明代著名的外国地理书--《职方外纪》。何兆武先生曾形象地说，"小小的三棱镜、时钟和地图"，"竟成为藉以敲破中国森严的思想堡垒的法宝"。
在中国多年后，利玛窦悟到这样一个道理：借中国的士大夫来征服民众，借欧洲科学来征服士大夫。利玛窦深知，要争取中国的精英人士，就应该努力学习古典文化，同时要迎合士大夫阶层人士的趣味，满足他们在历法、天文、数学、地理和工艺方面的兴趣。他早期所接受的自然科学的训练，在中国派上了巨大的用场。
徐光启与利玛窦
万历二十八年（16 00 年），徐光启在南京见到了利玛窦，后来另一位传教士罗如望为他举行了洗礼，徐光启加入了基督教，并取教名保禄。从万历三十二年到三十五年（16 04-16 07 年），他在北京跟随利玛窦学习和翻译西欧的数学、天文、地理和水力学，并在此后译出了《几何原本》《泰西水法》等著作。李之藻也在万历三十二年开始跟随利玛窦学习，并且与利玛窦合作翻译了《浑盖通宪图说》《圜容较义》等科学著作。
