秃坚帖木儿大军兵临大都城下，皇太子见势不妙，逃出京城。元顺帝被迫交出朴不花，孛罗帖木儿杀之。元顺帝封孛罗帖木儿为太保、中书平章政事，守御大同。五月，皇太子命扩廓帖木儿调动军队，分道进攻孛罗帖木儿。扩廓帖木儿派军七万人分两路合击孛罗帖木儿于大同。皇太子、扩廓帖木儿则至太原，调督诸军。二十五年三月，皇太子在扩廓帖木儿军中下令调岭北、甘肃、辽阳、陕西各地军队，共讨孛罗帖木儿于大同。七月二十九日，元顺帝派杀手刺杀了孛罗帖木儿。扩廓帖木儿乘机进攻大同，取之。
二十七年十月，元顺帝以扩廓帖木儿不受调遣，免其太傅、中书左丞相职，并削去其军权。扩廓贴木儿则屯兵泽州(今山西晋城)。十月二十一日，朱元璋正式下令，命中书右丞相徐达为征虏大将军中书平章常遇春为副将军，率军二十五万，北取中原， 至正二十八年(1368)月，朱元璋即皇帝位，定国号为明，建元洪武。朱元璋的部队向大都逼近时，元顺帝下令恢复扩廓帖木儿的官职与军权，命其出援京师，勤王御敌。
于是，扩廓帖木儿率军由临汾去大同何人劝阻日："丞相率师勤王宜出井陉口，向真定(今河北正定)，……以遮截南军(指明军)。若入云中(今山西大同)，至燕京(即大都)沿途千里，无乃不可乎！"扩廓帖木儿的幕僚则日："朝延……步要杀丞相，乃要勤王，我驻云中(大同)，观其成败，徐为计耳。"(《庚申外史》当时元大都已危在旦夕，扩廓帖木儿依然抱着观望态度，拒不勤王。七月二十八日，明军势如破竹，兵临大都城下，当日夜半，元顺帝率众北逃上都。八月初二，明军人大都，元亡。
