除在社会层面控制租界外，《条约》还允许法国对租界进行武力控制。《条约》第四款规定"租界之内，法国可筑炮台，驻扎兵丁并设保护武器各法……"，法国以极高的效率这样做了。《条约》签订后不久，他们就在许多岛屿上建立起军事据点，在一些海角处浇筑炮台，又在东海岛建立港口。这些军事设施中的常驻法军，大部分由清政府财政供养，法国方面只提供很少的资金。
作为天主教国家，法国当然不会忘记通过宗教输出意识形态。《条约》签订后，法国在租界内建造了许多天主教堂，从国内派出数量众多的传教士来到广州湾传播天主教。这种宗教灌输在短时间内不能起效，但在长期灌输下，许多国人开始信仰天主教，意识形态的防线进一步溃退。当然，宗教奴役之外，还有更厉害的精神奴役，鸦片。法国租借广州湾时，虽然鸦片的输出已不如鸦片战争时期猖獗，但依然有许多国民深受其害。广州湾港口建成后，法国向租界输出鸦片，法国对外宣称，这些鸦片绝不会落入租界以外，实际上绝大多数鸦片都落入了租界以外。当时西方列强的嘴脸，就是如此。
广州湾租界最终没有存活99年。清朝灭亡后，由于广州成为抗击西方列强的重要前线，许多中国起义部队都在这里发动起义，这对法国租界造成了重大冲击。同时，广州湾内部的国人到处渗透，他们打入租界中一些重要的机构和部门，破坏租界与法国本土的情报联络。1927年广州起义后，法国租界公使署为避免各种压力，不得不将地址一迁再迁，前后达到3次之多。抗日战争胜利后，中国重新站了起来，同时，由于法国在第二次世界大战中与中国同属于同盟国阵营，其根本利益是一致的，所以，广州湾的回归便提上了日程。
