实际上，对于"海防"，清王朝实施的是消极防御的战略方针，没有统管全局筹划，军事思想落后，军事指挥拙劣。
其次，北洋水师建立之初就存在严重问题---没有统一的指挥权。要知道，海军的建设和作战需要指挥统一。如早在１８７２年，日本就成立海军省，统一领导海军事务，后来又建立了军令、军政机构，建立了近代指挥体制。甲午战争前，为实现统一作战，日本将警备舰队和常备舰队组成联合舰队，大大加强了日本海军整体实力。而清王朝的海军自筹建起，一直没有建立起一套行之有效的统一指挥系统。尽管下辖北洋、南洋、福建、广东四支海军，但它们的实际"指挥者"却分别为直隶总督、两江总督、闽浙总督和两广总督，各自为政。
当北洋舰队被困威海卫时，南洋水师、广东水师和福建水师却按兵不动。清政府尽管曾电令刘坤一，要求暂调南洋水师的巡洋舰"南、开、寰泰三船，迅速北来助剿"但刘坤一却列出一大堆"理由"，就是不派船北上。在此之前也曾令署理两江总督兼南洋大臣的张之洞："北洋战舰不敷，若得南洋四舰前来助剿，较为得力。"晋国张之洞也拒绝。北洋水师要求调用广东水师的两艘大型鱼雷艇前来参战，却遭到广东水师以"艇中存煤运行不敷烧用"为借口拒绝。
不仅海军如此，陆军也一样。山东巡抚李秉衡"管辖"的山东军队距离威海卫最近，就是袖手旁观；南方的援军丁槐部，干脆滞留黄县；当1月30日，日军攻陷南帮炮台后，奉旨北上增援的徐州陈凤楼部以军饷未到为由，拒绝进军。2月10日，北洋舰队的定远、来远、威远、靖远等舰已被炸沉炸伤，右翼总兵刘步蟾自杀，洋员和部分海军将领威胁丁汝昌投降之时，进军抵达潍坊的陈凤搂部却置北洋舰队于不顾，依然折返天津。
早在甲午战前，李鸿章就曾指出"华船分隶数省，轸域各判，号令不一……"威海卫海一役，证实了李鸿章的预言。
