锦衣卫组织中，镇抚使以上算是高级官吏了，而副百总至千总则为中级官吏，至于总旗、小旗，就是锦衣卫组织的基层了。进入了副百总，锦衣卫成员才算真正进入了决策层，不过，基层组织成员很多，想要升职，更是难上加难。
依照明太祖朱元璋和明成祖朱棣的规定，锦衣卫统辖人数为五千人，其中，一个千总负责一千人，一个百总负责一百人，这当然是明朝初期的规定。事实上，明朝后期锦衣卫组织都没有按照这个规定执行，明朝中后期，锦衣卫组织不断膨胀，其成员一度达到了六万人多人。既有这样庞大的组织，所谓千总、副千总、百总、副百总也就缺乏了实际的效果。随着锦衣卫组织的扩大，明朝中后期千总、百总、总旗、小旗所管理的人数，也就更为混乱了。
锦衣卫组织一开始只是对皇帝负责，不过，随着明朝中后期宦官权利的增强，锦衣卫也就实际成为了阉党利用的工具。明朝权宦魏忠贤掌权的时候，锦衣卫成员多听命于他，魏忠贤依靠锦衣卫成员，不断打击和威胁政敌，一度使得强盛的明朝走向了衰落。明后期，锦衣卫实际已经失去了它的效益，完全沦为了权宦乱政的工具。
