总旗、千户、百户皆为明朝锦衣卫制度中的重要官职，它们都是锦衣卫执法时的下层机构，想要了解总旗、千户和百户，就需要先清楚明朝的锦衣卫制度。
锦衣卫是明朝皇帝直属下的一个特务组织，它并非是专属官职，而是皇帝的秘密组织。锦衣卫组织主要负责对百官的监察和保护，其以搜集情报为主，执法行杀为辅，其由皇帝秘密统辖，根本不需要经过六部都察院的认可。锦衣卫最高执法官为锦衣卫都指挥使，依照明朝官爵的品级，都指挥使官居正三品。
都指挥使之下，分别是指挥同知、指挥佥事和镇抚使，指挥同知对都指挥使负责，指挥佥事对指挥同知负责，镇抚使对指挥佥事负责，一般来说，这三大职务都是以两人为次，遇到紧急情况，都指挥使才会增加名额。指挥同知依照品阶为从三品，指挥佥事为正四品，镇抚使为从四品。
镇抚使之下，就是我们所要提到的千户、百总、总旗、小旗了，千户、百户之下设副千户、副百户，总旗之下为小旗，也就是说，总旗是锦衣卫制度下最低的一层官吏。千户对照镇抚使，为正五品官阶，副千总为从五品，百户为正六品官阶，副百户为从六品官阶，总旗为正七品，小旗则为从七品。镇抚使之下，千户、百户、总旗、小旗都没有人数上的规定。
