汉武帝刘彻知情后勃然大怒，在听说大宛城三千人便可攻破后，便下令李广利带六千骑兵讨伐大宛城，却没想到这一次的出征军队差点全军覆没。这让大宛城周边的西域国家怀疑起了汉朝的军事力量，也不再积极配合汉军攻打匈奴。汉武帝反而觉得这次是个机会，让西域各国见证汉朝力量的机会。便调来数十万大军，由李广利带队再次攻打西域大宛城，一路上遇到不肯配合供粮的城市，便直接屠城。
公元前102年，声势浩大的汉军顺利攻下大宛城，汉朝的威望在西域各国瞬间大增，许多西域城国选择臣服于汉朝。汉武帝派遣郑吉前往西域，任西域都护，从此西域正式成为中国领土。由于西域偏远，大军无法经常出征，再加上管理的原因，导致西域周边经常暴乱，直到清朝年间，通过康熙到乾隆的60多年里，三朝连续出兵西域，最终将暴乱平定。随后，乾隆皇帝将西域改名为''新疆''，寓意：新回归的疆土。
公元1865年，此时清朝内乱频发，匪徒，反清势力到处作乱，由于经历完鸦片战争，国内经济衰退，国力日渐衰弱，清政府已无力顾暇新疆区域。号称''中亚屠夫''的阿古柏便乘虚而入，率兵强行霸占了新疆地区。数年后，沙俄也对我国西部起了歹心，见满清政府对阿古柏的强占举动未作出回应，便出兵强占了我国的伊犁地区。这两次被侵占的地区达到166万平方公里，相当于4个日本的面积。
