后来她继续奉皇帝的命令，带领手下的士兵攻打叛军张献忠。只是这次却没有那么顺利，由于敌我人数差距悬殊，最终导致失败，亲人也都在这次战争中牺牲。于是这次战争对于她来讲，不仅是一个败仗，更是一场灾难，让她与自己的亲人天人永隔，种种重压压垮了这个铁血女将军，于是在七十五岁那年，在病痛的折磨中秦良玉离开了人世。
关于其死后究竟被葬到了哪里，千百年一直是一个困扰人们的问题，据史书记载，在其出葬当日，连发了48道丧令，而后一共有48个送葬队伍同时出发，于是秦良玉究竟是跟随哪个丧葬队伍被葬，无人知晓，于是这位被史书立传的女将军，在历史的风沙中只给我们留下了一个坚毅的背影，却无人可再寻得她的踪迹。
