慈禧对于权力有很大的欲望，即便是光绪皇帝成立之后，大权基本还是掌握在她的手中。她当时为了更好地维护自己的地位，将自己弟弟副都统叶赫那拉·桂祥之女，也就是光绪的表姐隆裕钦点成婚为皇后。由于光绪对于慈禧太后一直掌握大权不满，对于慈禧钦定侄女隆裕为皇后自然更加不满，反而偏爱年龄比他小，性格开朗，活泼好动、五官清秀俊美的珍妃。
珍妃对于皇宫中的繁文缛节十分厌恶，喜欢新生事物，喜欢过无拘无束的潇洒生活。从就生活在广州的她，接触到不少西方资本主义世界的文学，非常崇尚西学，对朝中之事也有自己的独到见解，与光绪帝的维新思想不谋而合，备受光绪宠爱，每日形影不离。
光绪对于珍妃的宠爱让受冷落的隆裕皇后很生气，经常向慈禧去诉苦，说珍妃诸多的不好。听多了自家侄女诉苦的慈禧对珍妃越来越反感，找到机会就会找珍妃的麻烦。当光绪戊戌变法失败后，就被慈禧软禁起来，为光绪帝发展了不少维新人才的珍妃也被牵连起来，再次被施以当众脱掉裤子杖刑，直接关到了钟粹宫后的北三所。
八国联军打入北京时，慈禧这才想到被关起来的珍妃。为了防止珍妃有机会东山再起，以带走珍妃不便，留下又恐其年轻惹出是非，有辱皇家颜面为由，让太监崔玉贵将她投井杀害，随即便把井口堵上了。等到八国联军离开北京后，慈禧返回宫，看到珍妃所投之井心有点慌，便命人重新将井口挖开，将珍妃的尸骨给打捞出来后再次封死。如今看的珍妃井是后来人重现改造的。由于大的井口有很大的安全隐患，只好改小井口，并在井口横向加装一道钢管，来保证前来参观人的生命安全，这就是为何现在人看到的珍妃井连头都塞不下的真正原因。
