大清国在迅速抚平创伤，但帝国的危机却始终没有解除。1874年，日本侵略台湾后就成了大清国在东方的最大威胁。与此同时，在英俄的支持下，阿古柏打着宗教的旗号侵略新疆十余年，任由阿古柏与陕甘叛军余孽沆瀣一气，西北必将分裂出去。
如果在鼎盛时期，清军绝对有实力两线作战，但此时太平军、捻军和西北、云南的穆斯林的叛乱早已掏空了清政府的财政，每一分钱都要掰成几瓣花。因为国家没有财力东西兼顾，所以才产生了著名的"疆防"和"海防"之争。
以李鸿章为首的大臣认为新疆自乾隆朝划入版图，每年三百万两军费"徒收千里旷地"，况且新疆又是俄国、英国和土耳其等国势力交汇处，"论中国目前力量，实不及专顾西域"，应该将军费全部投入到海防建设中去。
然而以左宗棠为首的一派则认为海防和疆防应该并重，但是必须先斩断西部外来宗教势力的东进，稳定中华统治之后，再发展海防。两派因为军费分配问题争得你死我活，最终，左宗棠的"重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师"打动了清朝统治者。
