江南是传统农耕地区，并不适合马匹的生长和蓄养，这令清朝江南马政面临很多无法克服的问题。一方面，由于江南本地不产马匹，驻防军不得不去外地采买马匹和承担高额的运输费。另一方面，由于军马的大量死亡，使得每年需要重新采买补充马匹，这又产生了高额的经费。
同时也令清政府和士兵都增加了额外的经济负担。为此，清政府不得不下令禁买口马，改买土马，但这一政策，却招来更多弊病，最终不得不废止。
此外，江南军马的牧放还遭遇牧场难寻、马匹恣意糟蹋农田并引发军民矛盾等问题，虽然清政府采取了种种政策来应对这些难题，但还是无法解决马匹疲瘦，易于染病死亡等问题，无奈之下，清政府不得不逐步减少江南军马的数量。但这个办法虽然可以减少军费的额外负担，缓解财政压力，同时却也削弱了军队装备大大降低了军队战斗力，所以，两者实在是难以平衡。
