但南方土马不仅质量不好，价格还极高，一匹广西土马的价格就达到17两，还不包括其他杂费。这样一来，反而加重了经济负担，所以这个政策最终无法施行下去。此外，江南八旗和绿营的费用承担方式也不相同，绿营在买马时，是由藩库按照额定金额给银两，马价和其他费用都算在里面。而八旗则由士兵自己出钱购买，这两种方式各有弊端，但不管是藩库拨银，还是自己出钱，都会给士兵增加额外经济负担，并对他的生计造成不利影响。
八旗驻防军马的蓄养方式有两种，分别是圈马和拴马。由于江宁和京口两地的八旗士兵，"懂得养马之人少，故而不能使马匹上膘，且南省地方湿热市马匹易于染病，倒毙者多"。所以两地军马多为圈养，由各部设立官圈，集中管理。每年的春夏两季，还要把马匹赶到野外放青，以助它长膘，但因为江南地少人多，附近除了村庄就是田地，很少有牧场，因而，很难进行马匹放牧。如何在军马放牧和保护农田之间找到平衡是清政府面临的严重问题。
而江南绿营则设有专门的牧场，一处在江南，一处在陕甘，清朝初期时，由于绿营军马的牧放没有统一定制，导致大量农田被军马踩踏，为此经常发生士兵与百姓打架的事件，军民矛盾日益严重。
为了缓解矛盾，清政府规定了每营军马的蓄养方式:"如各营实在骑操之马在四十匹以上者，为数已多，应宜设立马厂，以资牧放；如各营实在骑操之马在四十匹以下者，为数较少，或在槽喂养，或城厢隙地，山侧水涯，就便放牧"。在清政府的约束下，马匹踩踏农田的事件减少，军民矛盾得到缓解，但由于江南环境的关系，军马牧放的成效受到了限制。
