失去了"皇帝"的太平天国内部一片混乱，纷争不断，国家也到了最后的灭亡时刻，由曾国藩带领的湘军气势汹汹，成功剿灭了太平天国。后来他向朝廷报告战果，还送上了一本刊刻本《李秀成自述》，书中写着洪秀全是服毒自杀的。但这个记述让人怀疑，洪秀全坚决要死守都城，拒绝逃跑，根本不怕死亡，那为什么他会服毒自杀呢？
随着后世的研究，关于他的死因，普遍是有两种说法，一种则是服毒自杀，另一种则是因病而亡。
为什么说他是自杀呢？首先是曾国藩曾经上奏朝廷的奏折中写着"五月，逆贼首领洪秀全在大军猛攻天京的时候，服毒自杀。"随后他又上奏，抓到过一名天王府的婢女，是她亲手埋了洪秀全的尸体，她姓黄，来自道州。这位婢女还说，在他死前，就已经不觐见官员了，而在湘军的压力之下，他选择了服毒自杀，而众位大臣为了稳定军心，决定不公布他的死讯，秘不发丧，但其实他们的军队已经都知道了，十几天后，洪秀全的死讯才昭告天下。
