到了董卓把持朝政时，因朱儁功高望重，对他也是忌惮三分，想任其为副手，却遭到了朱儁的婉拒。
董卓在关东军的压力下逃到关中，朱儁留守洛阳，他和山东诸将通谋，想要迎回献帝。但是大家心怀鬼胎，最终事情败露，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。之后朱儁讨伐董卓，自知寡不敌众，无力回天，就不再向前。
之后董卓被吕布杀死，李傕、郭汜掌权，派人用天子诏书征召朱儁入朝；同时陶谦认为朱儁是名将，屡立战功，可以委以大任，于是推举他为太师，想起兵讨伐李、郭。
朱儁面对两条道路，应该何去何从？他深思熟虑后拒绝了陶谦，说天子的命令不容抗拒，而且李、郭二人是奸乱小人，没有什么远大谋略，势力相当，以后肯定会发生变乱，到时候趁其不备突然行动。于是，他奉诏入京。
然而他的想法虽好，事实却并非如此。李、郭二人果然相互攻杀，汉献帝被李傕所劫持，献帝命令朱儁等十多人去说服郭汜，让他们两人和解，但是郭不同意，就把朱儁等人扣留作了人质。朱儁的性格刚烈，当天就因为愤怒发病，一代名将就此凋零。
