然而，噶尔丹并未气馁，三年之后，他再次发动对楚琥尔乌巴什的进攻，并成功的击败并俘虏了叔父，并将其势力纳入了自己的统治范围。随后，他又击败了和硕特部鄂齐尔图车臣汗等地方势力派，削藩成功，彻底将各部掌握在自己的手中。
内部统合完成之后，公元1679年，即康熙18年，噶尔丹又马不停蹄的率领3万大军，开始征服近在咫尺的吐鲁番、哈密等地，并成功地将势力范围扩展至甘州一带。甘州也就是今天的甘肃张掖地区，征服这些地区之后，噶尔丹要求驻扎于此地的维吾尔族军队向他缴纳赋税。
顺利的将北疆地区纳入统治范围，噶尔丹并未满足，他的第2个征服的目标是天山南路的回疆地区。回疆地区，属于蒙古四大汗国察合台后王的势力范围，不过此时，察合台汗国后裔视力衰弱，而伊斯兰教的和卓势力开始日益壮大。
此时和卓势力又分为了两派，分别为白山派和黑山派，两派矛盾尖锐，斗争十分激烈。最终，这场内部斗争的结果是：黑山派在察合台后王的支持之下取得了胜利，他们将白山派首领阿帕克和卓驱逐出了喀什噶尔。
