七月，朱棣即位。在他屠戮建文帝的拥护者、忙着清理"先帝"存在的痕迹时，皇宫内外，流言四起。
人们暗中传播着这一信息：建文帝没死。流传甚广的有三种说法：
第一，南京皇宫起火是真的，但建文帝是否被烧死，存疑。朱棣鉴定的那具尸骸，乃太子朱文奎。朱棣虽亲自作祭文追悼建文帝，却不曾为其修建坟墓。
第二，南京城破，建文帝原想自杀，却被亲信拦住。通过暗道，建文帝终逃出生天。这个版本中，大明王朝的开山祖师朱元璋出镜了。说这暗道实则是从前太祖派人挖掘，以备不时之需："宫中阴沟，直通土城之外，高二丈，阔八尺，足行一人一马，备临祸潜出。"
第三，建文帝出逃后，削发为僧，四处流徙、避祸。足迹多在山高水深、人迹罕至的中国西南，比如云南、四川达州等地，并在贵州某村留下了"红崖天书"。最后，建文帝出逃海外。
