不过，子婴并没有得以善终。刘邦确实没有杀子婴，但刘邦也没有如愿以偿地做关中王，后在项羽的军事威逼下，还军霸上，迎项羽入关。项羽入关后，楚军耀武扬威，据《秦始皇本纪》记载，项籍为从长，杀子婴及秦诸公子宗族。遂屠咸阳，烧其宫室，虏其子女"。
子婴死于项羽的屠刀之下。可以说，项羽是中国历史上第一个诛杀亡国之君的帝王。他破坏了不对亡国之君赶尽杀绝的共识，也让后世之君纷纷效仿，形成了迫害亡国之君的恶性惯例。
不过，如果把迫害亡国之君恶性惯例的责任，算在项羽一个人头上，也是十分不公道的。项羽杀子婴，并不是出于猜忌，纯粹是泄愤，泄楚国被灭之愤，泄项燕兵败自杀之愤。也就是说，项羽杀子婴，并没有过于明显的政治目的。他是光明正大地杀，而不是阴险毒辣地害。
单纯地泄愤是不容易被人效仿的，所以项羽之后数百年，亡国之君不得善终的情况并不多见，如汉献帝、陈留王曹奂、刘禅、孙皓，均是得以善终。当然，也有不得善终的帝王，如晋怀帝司马炽和晋愍帝司马邺，被前赵皇帝刘聪所杀。
第一个出于政治目的阴险迫害亡国之君的帝王，是南朝宋的开国之君刘裕。刘裕出身寒门，在门第取人的东晋，付出比士族子弟多无数倍的努力，才爬上权力中央。因此，当他篡晋恭帝位称帝后，颇有不安之感，担心士族势力拥立晋恭帝复辟，于是派人用棉被闷死将其活活闷死。
