第三阶段：恢复封王制，在同姓、亲信、实力派之间搞平衡
加封秦日纲、胡以晃为王，一定程度上弥补了冯、萧阵亡后造成之权力真空，对太平天国局势稳定大有帮助。但是，杨秀清集教权、政权、军权于一身，东殿势力超级强大。随着军事斗争连连获胜，东王杨秀清威望空前提高，对洪秀全、韦昌辉、石达开等造成巨大威胁。为此，洪、韦、石结成"诛杨同盟"，誓同共进退，李秀成自述："北、翼不服，计议诛杀东王，及兄弟仨"。1856年9月，"天京事变"爆发，杨秀清、韦昌辉、秦日纲死于内斗；石达开则率部离开，单独外出创业，脱离太平天国。至此，太平天国元气大伤，由盛转衰。
杨、韦两位军师死于内斗，最后的"首义五王"石达开又离开天京，原有的政体运行机制遭到破坏，天国局势一团糟。洪秀全很快发现，自己威望不足，未能解决这糟糕局势，他玩不转了。不久，洪秀全恢复"五军主将"制，提拔陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清、韦俊等将领，激发大伙积极性。然而，"五军主将"制解决不了问题，因为将领不能议政。不过，洪秀全已发誓不再封王，李秀成如是说："主不再分封，被东、北、翼三王弄怕"。1859年，族弟洪仁玕从香港来到天京，让洪秀全改变了封王看法，他决定恢复封王制度。
洪仁玕来到天京，不出一月，立刻封为干王，这让陈玉成、李秀成、李世贤等为太平天国出生入死之高级军官大为不满，纷纷想脱离洪氏王朝。为了安抚大伙情绪，洪秀全只好再次分封，对同姓、亲信、实力派均给予王爵。同姓王，信王洪仁发、勇王洪仁达、干王洪仁玕（之前封）；亲信封王，章王林绍璋、赞王蒙得恩；实力派封王，英王陈玉成、忠王李秀成、侍王李世贤、辅王杨辅清等。如此一来，实力派得以参与中央政务，积极性提高。李秀成在《自述书》中言道："今封王者，因其弟洪仁玕九年之间而来，封为军师，号为干王，降诏过后，要人悉悉归节制。封过后，未见一谋。天王再而复思，又见各位功臣久扶其国，心不分意，于是封陈玉成英王；见我有功，封忠王"。
