单单多次易主还不足以说出秦琼排在末位的原因，最让李世民心中不快的是玄武门之变时，秦琼表现的太一般，没有向长孙无忌那样出谋划策，也没有向尉迟恭那样苦苦相劝，仅仅只是象征性地喊了两嗓子。
史书中，仅仅用一句话"（秦琼）从诛建成、元吉"便带过了这一重大事件，由此可见，秦琼在这次事件中，出力并不多，不然史书中又怎会如此轻描淡写。
此外，还有一点，那就是秦琼去世的太早，在李世民选出24位功臣为他们绘制画像的时候，秦琼已经去世了5年，这五年间，24位功臣中不少人依然在奉献余热，官职爵位自然也是不断升高，秦琼自然吃了不小亏。
由此可见，秦琼被李世民排在24位功臣的末位，并不是没有道理的，他多次易主，玄武门之变出力不多，又去世的早，这三点便是原因，不过最根本的还是玄武门事件中出力不多。
