裴仁基和监军御史萧怀静素来不和，李密就用离间计成功招安了裴仁基，而秦琼自然也投靠了李密，可是李密此人极不得人心，手下将士纷纷离心，王世充瞅准时机痛扁了李密一顿，李密见状不妙，溜之大吉投靠了李渊，而秦琼则成为了王世充的龙骧将军。李世民：我发动玄武门之变，秦琼你似不情愿
当然王世充依然不是秦琼最终的归宿，因为王世充也不是一位明主，后来在王世充和李世民的一次对阵中，秦琼不顾妻儿，在阵前投靠了李世民，《旧唐书·秦琼传》中记载了李世民的这段话：卿不顾妻子，远来投我。
秦琼投靠了李世民才算真正的稳定下来，细细算来秦琼几乎把当时的势力投靠了一遍，才最终选择了李世民，之后南征北战，为大唐立下了汗马功劳，也得到了李世民的赏识。
相比较长孙无忌最初就选择了李世民，秦琼多次易主，则显得有些让人诟病，如果不是秦琼自身有本事，如果不是李世民惜才，想必秦琼也根本发光发亮不了，毕竟君主都想要忠诚的臣子。
