由于自己不懂军事，在军事谋划方面，骆秉章对左宗棠言听计从。骆秉章的头衔是都察院右都副御史，湖南的官员们称左宗棠是"右都御史"，因为左宗棠说话比骆秉章还管用。武官对文官没有什么优势，左宗棠经常需要与各级军官打交道，与军官们部署任务。虽然左宗棠没有品级，但左宗棠背后是骆秉章，因此，各级军官对左宗棠都毕恭毕敬。
樊燮担任永州镇总兵，与左宗棠并不熟悉。樊燮前往巡抚衙门的时候，正好骆秉章不在，只有左宗棠在堂上坐着。结果，樊燮没有任何表示，转身准备离开。左宗棠非常生气，说了一句："武官见我，无论大小，皆要请安，你为何不然？"樊燮立刻顶了回去，表示左宗棠没有品级，区区一个幕僚，堂堂的正二品总兵为什么要请安行礼。
左宗棠勃然大怒，直接爆出口，让樊燮滚出去。骆秉章回来以后，左宗棠要求骆秉章上奏折弹劾樊燮。作为一个省的巡抚，弹劾一个总兵没有什么问题。骆秉章听从了左宗棠的意见，确实上书弹劾了樊燮。结果，湖广总督官文主动扛事，推荐樊燮升迁湖南提督，这等于直接打了骆秉章的脸。请注意，巡抚不一定怕总督。
骆秉章弹劾樊燮的罪行越来越严重，上升到了贪污受贿、渎职等方面。与此同时，骆秉章还拉上了湘军统帅曾国藩、湖北巡抚胡林翼，高级官员们为了左宗棠开始了反复较量，甚至还牵扯军机大臣肃顺。当时，太平天国势如破竹，八旗军已经丧失了战斗力。在这样的情况下，清朝需要依靠各地的汉族官员。
在这样的情况，肃顺只能选择拉偏架，樊燮被撤职查办。至于袒护樊燮的湖广总督官文，为了防止与湖南、湖北巡抚关系进一步激化矛盾，官文被调任直隶总督。从这件事来看，左宗棠拥有非常高的地位。从另一个角度来说，也反映了武官的现实情况。虽然是正二品武官，但其实没有什么大不了的。如果左宗棠与湖南布政使发生了矛盾，骆秉章愿不愿意出面就很难说了，毕竟都是文官体系。
