即使是到今天，仍然有很多人质疑孙承宗修建宁锦防线的必要性和可行性，认为这会加重明朝的财政负担，成为拖垮大明的最后一根稻草；王在晋主张防守山海关，放弃关外之地才是最具可操作性，同时还可以为国家节省粮饷。其实，王在晋的方案才是最危险的，如果放弃关外之地，明朝将会提前20年灭亡。因为后金不同于一般的少数民族政权，也远非蒙古等纯游牧部落可比。此时的女真封建化已经十分明显，尤其是到了皇太极时期，几乎是完全采纳汉族士大夫发展农业与加强皇权之建议。如果没有修筑宁锦防线，那么土地肥沃的辽西走廊将会全部落入后金手中，这将会极大提高其经济实力。此外，明朝示弱之举动将会让关外之各蒙古部落和朝鲜寒心，迫使其投向后金；而后金占据宁远，则可以直接攻击山海关，大明永无宁日。虽说山海关十分先险要，但后金长期来攻，难免不会有失陷之日，京师危险矣！
孙承宗主张修建宁锦防线御敌于国门之外的方针，无疑是正确的，也是确保大明安全的最佳方案。其一、可以屯田辽西，使辽土养辽人，辽人守辽土。宁远、锦州位于土地肥沃的辽西走廊，若是驻军此地，并开展屯田，将会极大地提高部队的防御能力；而后金所占领之森林地带将不可能容纳过多的人口和抵御"小冰河"期的灾难，估计会不攻自溃。其二、袁可立之登莱水师可以随时支援，保障宁锦防线的安全。其三、察哈尔蒙古、朝鲜等将会成为牢固的盟友，尤其是一直想重现祖先荣光的林丹汗，他是坚定的反女真斗士。其四、大明不缺敢守卫疆土之勇士，如赵率教、何可刚、满桂、祖大寿等猛将。
孙承宗督师辽东，并修建宁锦防线的消息传来，努尔哈赤大惊失色，决定要把这颗钉子从眼皮底下拔掉。明天启六年（1626年），努尔哈赤率十三万大军倾巢出动，本以为会与之前一样，宁远轻易被攻破，无奈却被袁崇焕击败，身受重伤，不久死去。次年，皇太极以"明人于锦州、大凌河、小凌河筑城屯田"为借口兴兵前来拆除城墙，再次被袁崇焕、赵率教所率之关宁兵击败，只能撤回沈阳，另作他图。由此可知，宁锦防线确实收到了预期之效果，成为后金无法逾越的障碍；而城池的修建，屯田的展开，又进一步压缩了后金的生存空间，再加上后金内部各旗主之间的斗争日趋尖锐化，孙承宗之战略企图实现的机会大大增加。
就在孙承宗准备大规模反击，袁可立之登莱水师随时待命之时，阉党头目魏忠贤将孙承宗等主战派排挤出朝廷，宁锦防线再无能人去统筹。1628年，崇祯继位，重新起用孙承宗，并让他继续督师辽东，抵御后金，收复失地。但是，经过"己巳之变"后，孙承宗麾下已是将星凋零，人才稀缺；宁锦防线虽然守得住，但却再也无法重现昔日之辉煌。后来，孙承宗再次被阉党余孽排挤出朝廷，崇祯虽挽留，也无济于事。崇祯十一年(1638年)，清军进攻保定，时年76岁的孙承宗拒绝向多尔衮投降并带家丁坚守城池，城破后多尔衮下令将孙承宗绑在马尾巴上拖死，一代战略家就此陨落。
