兵士平时归卫所操练、屯田，战时由兵部调遣，由皇帝任命的总兵官统帅。战争结束后，将领缴印回任，官兵各归卫、所。
公元1380年，朱元璋将大都督府分为左、右、前、后、中五都督府，分掌兵籍与军政，但无调兵权。这样，兵部、都督府、总兵官都不能单独掌握军权，军事大权进一步集中到皇帝手中。
公元1382年，朱元璋改御史台为都察院，长官为左右都御史，下设监察御史和巡按御史，代表皇帝巡察各地。全国最高司法机构是大理寺，负责审理案件。刑部、大理寺和都察院分典刑狱，合称"三法司"。
经过改革、行政、军事、监察机构彼此独立，又相互牵制，最后由皇帝统一指挥。一切权力集中于皇帝手里，中国的封建专制制度发展到了顶峰。
