"三司"互不统属，分别秉承朝廷意旨办事，从而使地方权力更加集中于中央。
布政使司下有府、县两级地方政府，设知府和知县。各级地方官吏均由中央任免。由吏、户、礼、兵、刑、工六部分管全国行政。每部设尚书一人、(左右)侍郎二人，直接对皇帝负责。另设殿阁大学士，以备顾问。这样集大权于皇帝一身，使皇权空前高涨。
为了加强封建国家的武装力量，明太祖仿照唐代的府兵制，参考元代的兵制，颁行卫所制度，他建立了一支一百八十多万人的常备军，按卫、所制度编制起来，驻扎在全国各地。一百一十一人组成一百户所，一千一百二十人组成一千户所，五千六百人组成卫，军官分别为百户、千户、卫指挥。
