"保安会"成立后，赵尔巽立即致电清廷，称"日前创设保安公会，情势汹汹，幸标统聂汝清等仗义执言，竟挽狂澜"，同时表示协统蓝天蔚与官兵意不相洽，全协皆不听其命令。11月14日，清内阁回电，免去蓝天蔚第二混成协协统之职，交赵尔巽差遣委用，由聂汝清接任。
反对蓝天蔚的聂汝清成为协统，表明奉天最重要的兵权已不为革命党所有。很快，赵尔巽以委派蓝天蔚入关考察名义，驱蓝出省。11月16日、17日，吉林、黑龙江也仿效奉天做法，分别成立以巡抚陈昭常、周树谟为会长的"保安会"。赵尔巽再度牢牢掌握东北军政大权。
稳定了东三省局势的赵尔巽一度被宗社党、保皇派等视为取代袁世凯的目标人选。1912年1月30日，赵尔巽致电袁世凯，特别强调东三省的特殊地位，要求袁世凯承认东三省的立法、人事、财政、军事的独立。圆滑的他深知共和乃大势所趋，清帝退位已成必然，如此表态不过是想攫取更多的权益。
2月13日，清帝颁布退位诏书第二天，赵尔巽致电内阁，表示不再反对共和，同时要求"对于东三省用人行政能不速变更"。经过一个多月的秘密协商，赵尔巽、袁世凯之间终于达成了默契。3月15日，袁世凯任命赵尔巽为东三省都督，并宣布只是变更官名，其他的诸如职权、官制、营制概不变动，文武属官照旧供职。
不仅如此，袁世凯还对赵尔巽极力拉拢：中国第一历史档案馆藏《赵尔巽全宗案卷》里，收录了不少袁世凯给赵尔巽的信函。其中有这样一封，信封上写着"奉天赵都督台启，双挂号，大总统府缄，谨封"。信的正文有两方面的内容：一是袁世凯将手写《挽亡妾王氏》送赵尔巽；二是将自己新写的三首诗赠给赵尔巽。《挽亡妾王氏》共三副挽联，分别为58字一副、74字一副和14字一副。这是袁世凯为挽赵尔巽死去的小妾王氏而作的。
