然而，更让朱由检头痛的是，盘踞在北方的皇太极。
于白山黑水蛰伏了数十年的后金经努尔哈赤经营，大有与明朝分庭抗礼之势。随着皇太极屡次进犯北境，明军在两线作战中力不可支。史籍记载，此时朝廷每年需要拨付超过两千万两白银的"三饷"，国库早已空虚，经常发生断饷的情况。
由于，没有足够的军饷，明军士气大减，不时传来各省守军哗变的消息。朱由检的神经已经极度脆弱，变得敏感多疑，逐渐对朝中百官失去了信任，变得独断专行。崇祯在朝政中屡犯大错，在登基之初朱由检曾致力于铲除专权的宦官，后期又重新扶持了一大批祸乱朝政的阉党。
根据《春明梦余录》记载："崇祯二年十一月，以司礼监太监沈良住提督九门及皇城门，以司礼监太监李凤翔总督忠勇营。"崇祯的身边逐渐聚集了一批谄谀小人，最终，使后金的反间计得逞，袁崇焕惨死在了朱由检的手中。
