魏征比唐太宗大20岁，年龄上的差距，代沟上的隔阂，意见上的分歧，必然会造成二人之间的冲突。魏征在呕心沥血的同时，却忽略了最基础、也是最重要的一点，那就是皇帝也是人，皇帝也有自己的主张、理想、爱好和私生活。唐太宗那种与生俱来的好奇心，标新立异的开拓劲，以及自由生活的做主权，在很多时候都受到了魏征的干涉和阻挠。难怪有一次唐太宗当着长孙皇后的面大骂魏征：＂早晚有一天，朕非杀了这个老匹夫不可！＂能把＂从谏如流＂的唐太宗逼到这个份上，魏征的进谏确实过了头，这也为以后的结局埋下了伏笔。
公元643年，魏征病死。李世民非常难过地对身边的人说："魏征是我的一面镜子，他总是告诉我哪儿做错了。现在他死了，我失去了一面镜子!"
可是在魏征死后不久，一切都发生了意想不到的变化。魏征死前曾秘密推荐的杜正伦和侯君集先后犯罪，侯君集更是参与谋反被斩首，李世民开始怀疑魏征有结党营私的嫌疑。
