关于艾肯泉的形成，有地质人员研究分析认为：泉眼之下可能有一条低温的暗河，遇到地层断面导致河水悬转而出，形成频率不规则的凸涌奇观。而在泉周边几十米范围之内，还有两个蓝色小泉眼。这些泉眼之中流出的水在穿过阿拉尔草原之后，最终汇入了尕斯库勒湖。
艾肯泉被发现到关注历时131年，事实上，艾肯泉的研究由来已久，早在1884年，俄国探险家普尔热瓦尔斯基在茫崖市的尕斯地区进行了长达一个多月的科学考察，并在考察笔记中准确的描述和记录了艾肯泉的存在，而且还特别注明了具体时间为“11月4日正午，泉水温度为11.2摄氏度”。