对病毒基因组和大流行早期流行病学数据的分析
联合团队回顾了通过中国国家生物信息中心在其包含所有可用冠状病毒序列和元数据的综合数据库中收集的数据。选择了2019年12月和2020年1月收集的样本的所有序列数据进行深入分析，回顾了病毒在大流行第一阶段的多样性。对于在中国武汉发现的病例，将其数据与流行病学背景相联系后选择12月31日前发病的病例。最终分析结果显示，在暴露于华南海鲜市场的病例中，有几例病例的病毒基因组是相同的，说明这些病例可能是某个聚集病例群的一部分。但序列数据也显示，武汉市大流行初期就已经存在一定的病毒多样性，说明在华南海鲜市场群之外还有未采样的传播链。从生肉暴露或毛皮动物暴露的流行病学参数来看，没有明显的病例聚集现象。
根据早期序列数据估计到最近共同祖先的时间
此外，通过分析来估计终末数据集中SARS-CoV-2序列到最近的共同祖先的时间（tMRCA），并与之前的研究结果进行比较。这样的tMRCA分析可以被认为是估计的，并不能提供起源时间的确切证明。分子序列数据分析表明大流行的开始时间可能在12月中旬之前的某个月。估计的时间点从9月下旬到12月上旬不等，但大多数估计点在11月中旬到12月上旬之间。
SAES-CoV-2的文献综述：早期发现
最后，对已发表的文献中表明SARS-CoV-2早期循环的数据进行了回顾。这些来自不同国家的研究表明，SARS-CoV-2的循环比最初发现病例的时间早了几周。部分疑似阳性样本的检测时间甚至早于武汉首例病例，提示其他地区可能存在漏诊的情况。但到目前为止，研究的质量还很有限。尽管如此，调查这些潜在的早期事件还是很重要的。
动物及环境研究人们在不同动物中发现了在系统进化上与SARS-CoV-2相关的冠状病毒，包括菊头蝠和穿山甲。然而，在湖北省采取的蝙蝠样本并未发现SARS-CoV-2病毒存在的证据，中国各地野生动物的采样至今也未发现SARS-CoV-2的存在。我国31个省共采集野生动物、畜禽标本8万余份，在SARS-CoV-2爆发前后均未发现SARS-CoV-2抗体和核酸阳性结果。通过对华南海鲜市场动物产品的广泛检测，未发现动物感染的证据。
在华南海鲜市场关闭后的环境取样显示923例环境样品中有73例样本呈阳性，，表明其表面普遍有SARS-CoV-2污染，符合通过感染者、感染动物、被污染的产品引入病毒的情况。
华南海鲜市场的供应链包括来自于20个国家的冷链产品和动物制品，这其中有些国家在2019年年底前报告有SARS-CoV-2阳性样本，或发现有与SARS-CoV-2关系密切的病毒。有证据表明，市场内销售的一些养殖野生动物物种制品对SARS-CoV-2易感，然而在本研究中，市场上采集的动物样本均未检出阳性结果。冷链产品未进行检测。然而，这些研究结果确实提出了可能存在不同引入途径的可能性，强调了有必要对这些供应链进行仔细的追溯和对样本进行检测。
SARS-CoV-2可在冷冻食品、包装和冷链产品的条件下存活。中国最近暴发的疫情中的指示病例与冷链有关。研究表明，病毒在低温下可以长期存活，因而可以在冷冻产品上被长距离携带。目前正在进一步研究病毒在不同温度下的存活能力。
华南海鲜市场有大量摊位出售冷链产品。流行病学研究表明，有冷链货物的摊位出现病例的相对风险高于无冷链货物的摊位。需要进一步分析来确定时空对应关系和纠正抽样中存在的潜在偏倚。其他应开展的研究包括追溯从2019年底前有SARS-CoV-2阳性样本报告的地区进口的冷链货物，以及通过访谈供应商追溯冷冻野生动物制品动从供货养殖场到华南海鲜市场的过程。
在向中国供应冷链产品的其他国家，已经发现包装和产品上有SARS-CoV-2的证据。有证据表明，在向中国提供冷链产品的其他国家存在早期病例群。另一个问题是调查2019年底前有SARS-CoV-2阳性样本报告地区或是动物中发现SARS相关冠状病毒的国家（如东南亚国家）的冷链或冷藏供应链。与此同时，一定要区分冷链在国外输入病毒和市场本身发生疫情中的作用，后者可能是感染者污染了产品。
国际团队对下一阶段开展的研究提出了建议，以协助SARS-CoV-2以及其最接近的共同祖先的溯源工作。这些研究可包括：对野生动物样本进行SARS-CoV-2相关病毒测序和抗体检测；继续对中国南方省份和东亚、东南亚及其他邻国地区的菊头蝠进行调查；梳理已经完成的工作，以明确下一步计划；分析病毒与人类接近的可能性。可以由在不同国家工作的现场团队对其他野生动物物种进行采样，或通过对海关没收的穿山甲等动物进行机会性采样。可以将分析范围扩大到其他物种，包括潜在的中间宿主或贮主如麝猫、水貂、雪貂和灵长类动物等。
应对养殖的食用野生动物进行研究，走访养殖户和供应商，询问他们的接触情况，分析武汉其他市场动物及制品的交易和交易历史，特别是与人感染病例或序列数据有关的市场。其他工作可包括以下调查：东南亚和更远地区养殖的动物，以寻找与SARS-CoV-2相关的病毒；獾--东南亚的养殖麝猫/果子狸；有兔等冠状病毒易感动物存在的牲畜养殖场。对中国及其邻国的皮毛动物养殖场继续进行SARS-CoV-2及相关病毒的针对性调查会非常有价值。
