建文三年十二月，燕王朱棣从北平出发，挥师南下。其军从馆陶过黄河，取徐州渡淮河后，置淮安、凤阳于不顾，直下扬州，大战长江。第二年六月、兵临南京金川门。谷王朱穗和李景隆开城迎降，当天宫中大火，朱允炆不知所终。一说他在大火中烧死，二说他从事先准备好的地道出逃跑到西南当了和尚，从永乐到正统几十年间，踪迹均有纪录，最后被迎入宫内，病老而死。朱棣则称辩认出朱允炆的尸骨残骸，还十分感慨地说了一番''小子无知''的话，按照天子的礼仪把他埋葬。他自己当了皇帝，改年号为永乐。
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明代皇帝中，只有他有两个庙号，始定太宗，后改成祖。江山易手，朱棣杀了许多建文朝的忠臣。齐泰、黄子澄自不必说。方孝孺被杀，株连宗族亲友门生数百人。北平参议景(耿)清上朝时怀藏利刃，准备行刺，朱棣大怒，不但杀了他本人，将他满门抄斩，还在他的家乡清查他九族的姻亲，清查他门生的门生，大肆捕杀，村里为墟。因为像瓜蔓伸延，互相牵引，历史上把此案叫"瓜蔓抄"。统治阶级内部的权利的斗争是十分残酷的。
综上所述，朱棣打着反对削藩的旗号起兵。但他当了皇帝以后，并没有从根本上反对削藩政策，只是他的做法更聪明、更从容些。他没有把诸王动辄废为庶人，而是逐步裁减他们的护卫，削弱他们的实力，使他们完全没有可能与朝廷抗衡。削藩是巩固和加强以皇权力中心的专制主义中央集权的必行之策。所以，朱棣的最终目的是推翻朱允炆，自己做皇帝，在这样的背景下，朱允炆削藩并不是朱棣起兵的真正原因。
