但同时，他去掉了建文年号，改用洪武年号，摆出争夺天下的姿态。因朱棣称自己的军队为"靖难之师"，史书把叔侄争夺天下的这场战争称为"靖难之役"。而朱允炆也许是受了黄子澄等人的影响，他以为燕兵成不了大事，因而每天与翰林官方孝孺等人讨论周朝制度，试图以文治天下，并没有把军事放在心上。后来，连黄子澄都看出了形势的危机，指出，北兵素来强悍，不早作防御，怕黄河以北要保不住了，他这才匆忙任命长兴侯耿炳文为大将军，率师北伐。
与朱允炆相比，朱棣对这场战争的态度要认真得多。每次军事行动，他都亲自策划，亲自领兵作战。而且善于用将，使之各尽所能，北平城内稳定以后，朱徐立刻派兵攻占了通州、蓟州、密云、遵化、怀来、永平等处，并控制了北平最重要的关隘居庸关，解除了腹背受敌的不利局面。有一段小插曲：攻取怀来时都督宋忠对守城将士说，他们在北平的家人都被燕兵杀害，尸骨积满道路，以此激励他们死守城池。他没有料到，攻城的先锋队伍正是怀来将士的家人。
靖难形势图
这是朱棣的巧妙安排。一时间，战场上父子兄弟相呼，官军哪里还有心思厮杀，怀来很快被燕兵攻陷。由此可以看出，朱棣确实很有谋略。官军与燕军的第一场真正大战发生在北直隶真定(今属河北)。官军主帅耿炳文，早年是一员骁将，被朱元璋列为一等功臣。
