然而，这只不过是朱元璋暂时不理会沈万三，他心里还想给沈万三定上一个罪名，没收他的个人财产，让大明的国库有钱起来。明朝刚刚建立起来的时候，在南京定居。他需要一大笔钱来修建首都南京。是如此的富有，对他来说，这一点点钱不过是一场毛毛细雨一般，但是无论他多么富有，他也不过是个商人，按照当时法律规定划分，商人是最低的阶级。他必须按照皇帝的吩咐去做。因此，沈万三给了很多钱来建造明朝的首都。
当朱元璋看到他多么富有时，不仅不高兴，而且疑心重重。这个沈万三比国家富裕得多，这是一个很非常大的隐患。等都城建成后，沈万三甚至提出奖励士兵这个决定，这使朱元璋更加不满。军队是皇帝的，是国家的，但沈万三却以自已的名义来赏赐，这是在和朱元璋夺取的军权吗?这就像砍了自己的手一样。沈三万自己可能没有这个意思,但是面对可疑的朱元璋,他的做法是非常严重的,所以他想把沈三万除掉。然而,马皇后可怜沈三万，对皇帝说很多好的话。终于，沈万三被免除了死刑，被流放到云南。
这一事件被记载在《明史》大脚女皇传记中:吴兴府民申修，协助建都城之一，还请来了军兵。皇帝很生气，说:"一个人居然能给天子的军队带来好运。"她劝诫说:"我的妾看过律法，是指不守法的人，不是指不祥的人。人民反对敌人是富有的。不祥的是，上天会带来灾难，你为什么要弄死他呢? 要不免除了死刑，被流放到云南吧。
他指的是沈万三，但《明史》是清代有人写的，一般都有诋毁明朝的嫌疑。根据乾隆年间写的吴江县志，有另一种说法是张士诚俘虏吴时，沈万三早已去世。吴江县志是指明代文人写的《吴江志》，其中真真假假并不可知。
