美国来华传教士裨治文在 1857 年 1 月 3 日关于前一年"杨韦内讧"的采访通讯报道："驰名远方的古报恩寺磁塔……也似乎同样被夷为平地。看来磁塔的被毁可能与杀戳北王（韦昌辉）的事件有关。据说，'磁塔是被炸毁的，因为里面放着几尊大炮'。"美国另一位传教士麦高文稍后在 《东王北王内讧事件始末》中记载："当初翼王（石达开）回天京，要求处斩北王（韦昌辉）及其党羽。他所提出的这些要求，未被（天王洪秀全）立时允准。北王仍企图负隅抵抗。北王深恐那驰名远方的古报恩寺磁塔将被用以充当攻城的炮垒，于是下令把它摧毁。"（11）以上都是作者采访曾亲为太平军服务的一些中外人士口述，可见大报恩寺塔实际上在1856 年底已经不复存在了。
四、大报恩寺塔被毁之辨
大报恩寺位于金陵南大门，北濒秦淮河，南望雨花台，军事战略位置突出。太平天国攻占南京后战事频繁，社会动荡，市民纷纷迁徙。金陵南郊成了太平军与清军对峙的重要战场，大报恩寺塔时常处于硝烟弥漫的惨烈战火中。
生活于同时代的王韬、陈作霖等人著述颇丰，学识不凡，所闻所见应当是比较可信的，且当时南京民谣"宝塔折，自相杀"，也不可能是平白无故地产生的。因此综上所述可见：1854 年底抗击清军时，该寺塔被太平军焚坏，但因其砖石结构坚固，并未造成塔身彻底坍塌（12）；后来在 1856 年太平天国"杨韦内讧"期间，该寺塔同样因为军事目的又被人为地彻底毁圮，再次造成古都南京的文化之痛。
至于南京民间流传大报恩寺塔是被 "曾国藩炸毁"之说，其实从清军长期围攻南京战略态势和该寺塔地理位置等情况看待，清军主动炸毁大报恩寺塔的可能性似乎并不大。另外，由于晚清所处的政治环境，朝廷收复南京后，除采取措施重振金陵社会经济外，继续实行残酷的专制统治。这也可能造成相关的文字记载难觅，故此说尚缺乏史料佐证。
