2020年10月，湖畔大学首次公开了办学情况，数据显示，5年共有11788名学生报名，只录取了254名学生。
据此计算，5年来湖畔大学的录取率仅为2.15%。
相较而言，世界顶尖名校哈佛大学、斯坦福大学的录取率均在5%上下。
此外，湖畔大学公布的数据还显示，六届学员企业年平均纳税额1.2亿元，社保缴纳人数500人以上的企业有23家，占比50%。全班平均创业年限10.7年，其中有5位90后创业者，也有兴盛优选岳立华这样创业30年的"老兵"。
被质疑"圈子文化"，马云：不需要圈子
雷达财经注意到，湖畔大学自成立以来，在培育众多出色企业家的同时，也在承受市场的诸多质疑。
作为湖畔大学的创始人之一，马云在每年新学期的开学典礼上都要致辞，而他留下的"金句"却被网友们反复解读。
湖畔大学首届开学典礼上，马云就表示，"湖畔大学要办300年"；2016年，马云又称，"未来中国的500强中，至少200强的CEO来自湖畔大学"；2017年，马云提及，"湖畔大学前十年，我们希望所有进入这个学校的人，你们就像黄埔一期二期一样，认认真真、脚踏实地，到这里跟我们一起建立这么一个学校，这个学校已经不是一个民营企业学校。"
由此，也引发了对湖畔大学就是"圈子文化"的质疑。
2017年年初，在一次有关于未来教育的圆桌论坛中，北京大学讲席教授、理学部主任，未来科学大奖科学委员会委员饶毅表示，湖畔大学"看起来是赚钱培训班，跟我们的大学教育是南辕北辙的"。
同年，更有自媒体以《湖畔大学：极其危险的信号》为题，指出资本巨头们有着合流的趋势，其背后必然有着更大的利益诉求。
这让柳传志在为湖畔大学正名的回应中高呼："十九大东风浩荡吹散雾霾，中国企业家精神抖擞，应在经济领域弘扬正气，大展宏图。"
企业设立的培训机构不得称大学 已登记要摸排清理
除了对"圈子"的争议，2018年顺风车事件后，滴滴迫于压力对外道歉，"湖畔第四届学员"微信群中为柳青打气、加油的聊天记录意外流出，则直接引发了央视"湖畔大学学员'心疼柳青'，背后是一种什么价值观？"的质疑。
不过，对此马云也曾在2020年参加第六期候选学员的最终面试时公开表示，"湖畔大学不是圈子，是一个学习场"、"同学之间借钱、同学之间互相做生意，都不靠谱"。
"很多商学院现在变成了圈子，我们不需要这样的圈子，我们不需要钱，我们不需要项目，我们需要一个共同分享，在创业过程中、做企业过程中，担当、情怀、愿景、使命、价值观。"
