明朝开国时的几次灾害都让刘伯温算准了，但对接下来的这次旱灾，刘伯温就没那么好的运气了。话说当时天下大旱，朱元璋找到刘伯温，让他算算是咋回事，在经过一番观测后，刘伯温说："旱灾原因有三：一、死亡将士的妻子们全被另行关着，人数约几万，阴气太重；二、南京的工匠死亡太多，并有许多尚未入殓；三、张士诚方投降来的将士不该编入军户，有违和气。"朱元璋一向很佩服刘伯温的神机妙算，这次听完他的指点后就一一纠正前失，该抚恤的抚恤，该赦免的赦免。
但老天照样是大旱不止，未曾下雨，这将朱元璋惹恼了，恰恰此时，刘伯温得罪过的那群人又蠢蠢欲动，逮住机会攻击刘伯温，由此朱元璋与刘伯温的矛盾更加深了。
第三次隔阂的增大--"营建中都"的争议
由于文人的敏感，刘伯温感觉到了自己在朱元璋眼里地位的变化，便想及早脱离朝廷这个是非窝，碰巧时年60岁的刘伯温的妻子去世了，他借口回家奔丧，向朱元璋提出要归隐老家，从史书看，朱元璋似乎也没执意挽留他，临走前，刘伯温向朱元璋道别，顺便不忘规劝皇帝注意两件事：第一，"凤阳虽帝乡，然非天子所都之地，虽已置中都，不宜居"；第二，明军在与元朝残余势力交战时千万不可轻视王保保部队，但刚愎自用的朱元璋并没听进去。
回家后的刘伯温心灰意冷，情绪低落，葬了妻子后，打算安度余生了。谁知，没几天，朱元璋却急吼吼的召他回京，之所以召回刘伯温，一来是由于朱元璋在营建中都凤阳的事情上出了麻烦，二来是由于徐达在与蒙元王保保交战时吃了败仗。这时，朱元璋如梦初醒，觉得刘伯温真了不起，都给说中了，于是让刘伯温速速返朝，甚至给刘伯温加官进爵，但被其婉拒。
