晋怀帝被掳到平阳之后，张轨曾打算倾凉州之力进攻平阳，匡扶晋室，怎奈时机不到，只好另择继位的人选。当时，晋怀帝的侄子秦王司马邺在一众官员的艰辛护送下逃入长安。张轨得知消息，迅速传檄至关中，檄文说："皇帝不幸遇险，流落贼营。秦王司马邺天资卓越，在世祖幸存的子孙之中，他应该为长。凡我大晋之军民，应拥立秦王登基继位。"并声称派宋配率兵二万到长安护卫天子，张寔、张琠率军五万，出击刘聪。尽管由于时事多变，出兵之事未能按计划行动，但张轨的这一拥立举动，被秦王司马邺记在心间。
312年，秦王司马邺被众文武立为皇太子。司马邺没有忘记张轨，立即派使者前往凉州，拜张轨为骠骑大将军、仪同三司，张轨坚决辞谢，这是张轨第三次拒绝封官。
同年，皇太子司马邺又派使者向张轨重申先前的授命，张轨依旧推辞。左司马窦涛向张轨进言道："天下崩溃，主上流亡，凉州虽为边远之州，但大人您不忘匡扶朝廷，因此朝廷再三嘉奖任命。大人应遵从朝廷旨意，接受封赏。"但张轨不为所动，坚决不从。这是张轨第四次拒绝封官。
313年，晋怀帝被刘聪杀害，司马邺正式继位，是为晋愍帝。他再次派出使者升张轨为司空，张轨坚辞不受。这是张轨第五次拒绝封官。
